Tereny wokół Szinkitu zamieszkane były od tysiącleci. Świadczą o tym między innymi znalezione w pobliskich dolinach malowidła naskalne. Samo miasto powstało jednak w 777 roku i do XI wieku rozwinęło się jako ważny ośrodek handlowy dla berberyjskiej konfederacji plemion Sanhadża. Niedługo potem państwo Sanhaja zostało wchłonięte przez imperium Almorawidów, rozpościerające się u szczytu swojej potęgi od Półwyspu Iberyjskiego aż po rzekę Senegal.

Po dwóch stuleciach upadku miasto zostało odbudowane w XIII wieku i stało się na powrót ważnym ośrodkiem handlu na trasie karawan zmierzających przez Saharę i łączących cywilizacje dorzecza Nigru ze światem śródziemnomorskim.

Przez całe stulecia Szinkit służył też jako miejsce spotkań pielgrzymów z obszaru Maghrebu, zmierzających dalej do Mekki. Był niekiedy określany jako siódme najświętsze miejsce islamu i z czasem sam stał się celem pielgrzymek, zwłaszcza dla tych, którzy nie mogli pozwolić sobie na długą podróż na Półwysep Arabski. W okresie największego rozkwitu Szinkit był też obok Timbuktu jednym z najważniejszych ośrodków edukacji islamskiej w Afryce Zachodniej.

W kolejnych wiekach miasto jednak podupadło i obecnie jest niewielkim, zagubionym na pustyni miasteczkiem, niekwestionowane jest jednak jego historyczne znaczenie w regionie.