Przed rokiem 1800 planowano budowę latarni morskiej na pobliskiej wyspie Valentia ze względu na brak latarni pomiędzy przylądkiem Loop Head a wyspą Cape Clear, lecz plany te zostały odłożone[1]. Po interwencji Maurice Fitzgeralda, w 1820 roku jako lokalizację dla latarni wybrano Skellig Michael[1]. Zdecydowano się jednak na budowę dwóch latarni, aby zapobiec pomyleniu ich z innymi latarniami znajdującymi się w okolicy[1]. Jeszcze tego samego roku podjęto działania mające na celu odkupienie wyspy do rodziny Butlerów. Prace na wyspie rozpoczęto w sierpniu 1821[1].

W czasie trwania prac na Skellig Michael wykonano trzy raporty z ich postępu[1]. Pierwszy – z kwietnia 1823 – zawiera informacje o przygotowywaniu i budowie dróg[1]. W momencie wykonania kolejnego raportu, w marcu 1824, prace nad latarniami nie były jeszcze rozpoczęte[1]. Dopiero podczas wykonywania ostatniego raportu – ze stycznia 1826 – dolna latarnia była gotowa, natomiast prace nad górną nie zostały jeszcze rozpoczęte[1]. W sierpniu tego samego roku, kiedy obie latarnie były już prawie gotowe, podjęto decyzję, że zostaną one uruchomione 4 grudnia 1826[1]. Oprócz samych latarni na wyspie wybudowano także mieszkania dla obsługi oraz budynki gospodarcze[1]. Prace wykończeniowe trwały jeszcze przez znaczną część kolejnego roku[1]. Całkowity koszt budowy latarni wyniósł 45 721 funtów 5 szylingów i 10 pensów[1].

Obie latarnie świeciły światłem stałym i używały lamp Arganda[1]. Światło górnej latarni znajdowało się na wysokości 121,3 metra nad poziomem morza i było widoczne z odległości 40,2 kilometra, natomiast dolnej – na wysokości 53,3 metra i było widoczne z odległości 29 kilometrów[1].

Górną latarnię wyłączono 1 maja 1870 roku, po oddaniu do użytku latarni morskiej na wyspie Tearaght[1].

W roku 1904 pojawiła się propozycja zbudowania na wyspie nowej latarni o mocniejszym świetle, jednak zdecydowano się na poprawę działania istniejącej latarni i zamontowanie na wyspie sygnału mgłowego[1]. Nowe światło zamontowano 22 grudnia 1909[1]. Była to lampa o jasności 120 000 kandeli dająca 3 krótkie błyski co 10 sekund[1].

Sygnał mgłowy, po wielu problemach z jego działaniem i długich przestojach w pracy, został zlikwidowany w sierpniu 1960[1].

W 1962 podjęto decyzję o modernizacji latarni[1]. W budynkach mieszkalnych założono oświetlenie elektryczne i centralne ogrzewanie oraz zbudowano łazienkę[1]. Zwiększono też pojemność zbiorników na paliwo oraz wodę. Zburzono także wieżę latarni, a na jej miejscu postawiono nową[1]. Ostatecznie 25 maja 1967 oddano do użytku nową latarnię, z nowym elektrycznym światłem o jasności 1 800 000 kandeli[1].

Kolejną modernizację wykonano w 1987 roku – wycofano latarników, a działanie latarni zostało zautomatyzowane[1]. W 2001 roku zmieniono zasilanie latarni, tak aby mogła ona korzystać z energii słonecznej[1]. Wymieniono także lampy na takie o mniejszej mocy, co zmniejszyło zasięg latarni do 19 mil morskich[1].