Po śmierci cesarza w 1912 roku parlament japoński – przy silnym poparciu społeczeństwa – przyjął uchwałę o zbudowaniu chramu shintō, upamiętniającego jego rolę w modernizacji Japonii (restauracja Meiji). Wybrano teren, który obecnie przylega do parku Yoyogi i dzielnicy Harajuku.

Budowę chramu rozpoczęto w 1915 roku w tradycyjnym stylu nagare-zukuri (obecnie najbardziej rozpowszechniony)[1][a] przy użyciu głównie japońskiego cyprysu i miedzi. Budowa świątyni była projektem narodowym, z udziałem ochotników młodzieżowych i stowarzyszeń obywatelskich z całego kraju. Przekazano w darowiźnie 100 tys. drzew z całej Japonii, co stworzyło kompleks leśny w centrum miasta.

Meiji-jingū został oficjalnie poświęcony w 1920 roku (w roku 2020 obchodzona była setna rocznica założenia).

Większość kompleksu została spalona w czasie nalotów podczas II wojny światowej w 1945, ale las przetrwał. Dzięki pomocy społeczeństwa chram przywrócono do jego pierwotnej świetności w 1958 roku.