Külliye został zbudowany dla sułtana Selima II w latach 1569–1575 przez tureckiego architekta Sinana[1]. Zachowała się dokumentacja projektu i budowy, obejmująca zamówienia i zlecenia wykonania poszczególnych partii budowli i dekoracji, a także zamówienia na materiały budowlane[2]. Selim II zmarł w 1574 roku nie doczekawszy ukończenia dzieła[2].

Wybór lokalizacji kompleksu w Edirne – a nie w Stambule – nie jest jednoznacznie wyjaśniony[3]. Według jednych źródeł, budowla została wzniesiona, by uczcić zajęcie Cypru[4] – informacje te podaje Evliya Çelebi[3]. Jednak Cypr został zajęty dopiero w 1571 roku – dwa lata po rozpoczęciu prac nad wzniesieniem kompleksu[3]. Inne argumenty przemawiające za lokalizacją w Edirne to: (i) brak godnego miejsca pod budowę sułtańskiego meczetu w Stambule, gdzie stały już meczety: Hagia Sofia, Beyazit, Sulejmana czy Fatih; (ii) umocnienie wpływów osmańskich na zachodnich terenach granicznych (wokół Edirne); i (iii) osobiste preferencje sułtana, który mieszkał w Edirne[3].

Kompleks został wzniesiony na placu Saribayir (190×130 m), gdzie stał pałac Bajazyda I Błyskawicy[1], w którym po przeniesieniu stolicy imperium do Stambułu mieściły się kwatera wojskowe[2]. Oryginalne założenie obejmowało ulokowany centralnie meczet Selimiye wraz z dziedzińcem i gmachy dwóch medres – szkoły koranicznej (Dar-ül Kurra Madrasa) i szkoły prawniczej (Dar-ül Tedris Madrasa), rozmieszczone symetrycznie w południowych narożnikach placu[4][5]. W 1580 roku po stronie zachodniej wzniesiono halę targową (Arasta) – czynsz zapewniał dochód na utrzymanie świątyni[4]. W 1584 roku Sinan przeprowadził drobne naprawy meczetu po uderzeniu pioruna[6].

W 1752 roku wskutek trzęsienia ziemi uszkodzeniu uległy m.in. galeryjki jednego z minaretów i cześć szklonych okien[6]. W 1808 roku poddano renowacji część "kaligrafi"- napisów zdobiących meczet, a nad fontanną na dziedzińcu zamontowano dach, który obecnie (2011) już nie istnieje[6]. W latach 1839–1861 za panowania sułtana Abdülmecida I wnętrza zostały wytynkowane, a następnie pokryte nowymi ornamentami, w niektórych przypadkach naśladującymi wzory oryginalne[6]. W 1874 roku ołów z dachu hali targowej został zdjęty do produkcji amunicji, a budowla została pokryta dachówką[7]. W czasie wojny turecko-rosyjskiej (1877–1878) Edirne było okupowane przez wojska rosyjskie – jeden z oficerów rosyjskich zrabował z loży sułtana w meczecie cześć ozdobnych płytek ceramicznych szkliwionych i dekoracji rzeźbionych[7]. Pod koniec II wojny bałkańskiej kilka z najwcześniejszych dywanów na wyposażeniu meczetu zostało zrabowanych przez uciekających Bułgarów[7].

W 1925 roku, z polecenia Atatürka, Dar’ül-Kurra Madrasa została zamieniona w muzeum miasta, a po II wojnie światowej służyła jako biura, hostel studencki i magazyn[7]. W latach 30. XX wieku meczet uszkadzały burze – uszkodzenia po nawałnicy w 1930 roku naprawiono niezwłocznie, natomiast zniszczenia po burzy w 1932 roku zostały naprawione dopiero podczas gruntownej renowacji meczetu przeprowadzonej w latach 1950–1955[7]. Wtedy też odsłonięto część oryginalnych dekoracji wnętrz[7]. W 1936 roku Dar’ül Hadis Madrasa została zamieniona w muzeum etnograficzne a w 1971 roku w muzeum sztuki islamu[7]. Kolejne renowacje meczetu, głównie w celu przywrócenia oryginalnego wyglądu wnętrz oraz stabilizacji konstrukcji kopuły, miały miejsce w latach 1978–1983 i 1983–1985, dalsze w latach 2004–2008 skupiły się głównie na wymianie dachów minaretów[7].

W 2011 roku zespół budowli Selimiye został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO[8].