Początki obszaru chronionego Masai Mara sięgają 1948 roku, kiedy utworzono tam obszar chroniony dzikiej przyrody (ang. Wildlife Sanctuary); jego powierzchnia była znacznie mniejsza niż obecnego obszaru, lecz obejmowała również tzw. Mara Triangle między Siria Escarpment, granicą z Tanzanią i rzeką Mara[1].

W 1961 roku teren rezerwatu poszerzono do 1831 km², a jego administracją zajęła się rada dystryktu Narok[1].

W 1974 roku teren o powierzchni 1672 km² otrzymał status narodowego obszaru chronionego, a pozostała ziemia została zwrócona lokalnym społecznościom[1]. W 1976 roku po rozmowach między rządem kenijskim a władzami dystryktu, powierzchnię obszaru pomniejszono o tereny na północnym wschodzie, południowym wschodzie i północy do obecnych 1510 km²[1]. Od 1995 roku zarządzanie obszarem sprawują wspólnie władze dystryktu Narok i Trans-Mara[1].

W 2001 roku Mara Triangle przeszedł pod zarządzanie organizacji non-profit Mara Conservancy[1].

W 2010 roku obszar chroniony Masai Mara został wpisany na listę informacyjną UNESCO w celu zgłoszenia do wpisu na listę światowego dziedzictwa UNESCO[2].