La Rochelle stała się ważnym portem w XII wieku, gdy książę Wilhelm X Święty pokonał Isambert de Châtelaillon w 1130 i zniszczył konkurencyjny port w Châtelaillon. W 1137 r. Wilhelm X nadał La Rochelle przywilej wolnego portu, handlu i samorządu. Jego córka Eleonora Akwitańska w 1152 roku poślubiła Henryka Plantageneta, który dwa lata później został królem Anglii jako Henryk II, a tym samym La Rochelle znalazło się pod panowaniem Anglików, do czasu, gdy Ludwik VIII Lew zdobył miasto w 1224 roku. Anglicy podczas panowania nad miastem wybudowali w 1185 r. zamek Vauclair, którego pozostałości są nadal widoczne na Place de Verdun.

Od 1139 roku dzięki nadaniom Eleonory Akwitańskiej w mieście mieli swoją siedzibę Templariusze, którzy stworzyli tu swoją największą nad Oceanem Atlantyckim bazę dla floty zakonnej, aż do likwidacji zakonu w 1307 roku.

Podczas Wojny stuletniej między Francją i Anglią, po Traktacie z Bretigny w 1360 roku La Rochelle ponownie znalazło się pod panowaniem króla Anglii. Jednak w 1372 roku po bitwie morskiej pomiędzy flotami kastylijsko-francuską i angielską miasto wypędziło Anglików. Do XV wieku La Rochelle było największym francuskim portem nad Oceanem Atlantyckim.

Od połowy XVI w. przez kilkadziesiąt lat było politycznym i militarnym ośrodkiem hugenotów. W 1627 miasto-twierdza wystąpiło w sojuszu z Anglią przeciwko rządowi i faworytowi króla, Richelieu. Poddało się po ponad 14-miesięcznym oblężeniu, tracąc przywileje handlowe i uprawnienia edyktu nantejskiego, zachowując jednak wolność kultu.