Archipelag został skolonizowany przez Hiszpanów w połowie XVI wieku. Pierwszymi misjonarzami, którzy ewangelizowali miejscową ludność byli mercedariusze. W latach 1608–1767 jezuici organizowali raz w roku trwające osiem miesięcy wędrowne misje, podczas których budowali nowe kaplice w różnych miejscach Chiloé. Po wydaleniu jezuitów ich prace kontynuowali franciszkanie. Dzięki ich wysiłkom oraz lokalnej, indiańskiej społeczności powstało co najmniej 150 drewnianych kościołów. Obecnie na wyspach zachowało się ich około 70. Kościoły budowano wzdłuż wybrzeża, aby ułatwić misjonarzom dotarcie do nich. Większość z nich znajduje na wniesieniach, by nie uległy podtopieniom[1][2][3]. Najstarszy zachowany kościół pochodzi z 1764 i znajduje się w Achao, na wyspie Quinchao[4][5].

W 2000 podczas 24. sesji UNESCO 16 kościołów znajdujących się na archipelagu zostało wpisane na listę światowego dziedzictwa[6]. Rząd Chile przy wsparciu Międzyamerykańskiego Banku Rozwoju wdrożył program od 2003 roku renowacji zaniedbywanych przez lata kościołów[2].