Klasztor Karmelitów został założony w 1389 roku dzięki staraniom portugalskiego rycerza Nuno Álvaresa Pereiry. Był on konstablem portugalskim, dowodzącym wojskiem króla Jana I Dobrego w decydującej bitwie pod Aljubarrota w 1385 roku, w której to Portugalczycy zagwarantowali sobie niezależność i niepodległość w wyniku pokonania wrogiej, kastylijskiej armii. Zespół klasztorny był początkowo zamieszkiwany przez mnichów z Moury (południowa Portugalia), którzy przybyli tu w 1392 roku. W 1404 pobożny Álvares Pereira ofiarował swój majątek ma rzecz klasztoru, a w 1423 został nawet jednym z jego braci zakonnych.

Według jednego z historyków należącego do zakonu Karmelitów, nad pracami budowlanymi czuwało trzech głównych budowniczych, byli to Afonso Anes, Goncalo Anes oraz Rodrigues Anes – jednak nie były to oficjalne dokumenty.

Prace nad budową Zakonu przebiegały bardzo powoli. W 1337 roku – po 8 latach ciągłej pracy udało się wznieść ściany fundamentów głównej kaplicy, absydy i kościoła. Po wzniesieniu fundamentów pojawiły się liczne problemy konstrukcyjne spowodowane niestabilnością gruntu. Pojawiły się liczne pęknięcia w portalu osiowym od strony południowej. Rozwiązaniem było wzmocnienie budynku przez pięć przypór, które usytuowano na ziemi należącej do Admirała Pessanha. Dokument sporządzono w dniu 28 sierpnia 1399 – co daje nam wyobrażenie na jakim etapie była budowa w tym czasie. Istnieją również inne dokumenty opisujące moment wykończenia wejścia oraz przypór budynku datowane na 1399 rok[1].

W dniu 1 listopada 1755 roku ogromne trzęsienie ziemi o sile około 9 stopni w skali Richtera zniszczyło większość kompleksu. Znajdująca się w nim biblioteka wraz z 5000 woluminów zostały bezpowrotnie utracone. Po katastrofie został przebudowany i ostatecznie stał się siedzibą wojsk. Niektóre prace remontowe Klasztoru przeprowadzone w 1785 roku, prace zostały zawieszone w 1834[2]. Kościół natomiast nigdy nie został w pełni odbudowany, a tym bardziej odrestaurowany.

Nie istnieje wiele informacji mówiących o działalności Zakonu Karmelitów w okresie Gotyku. Wiadomo że znajdowała się w nim grupa obiektów usługowo-rzemieślniczych. Wybudowano tymczasowe pomieszczenia by pomieścić osiadających w Zakonie braci. Istnieje informacja mówiąca że zakrystia była jedynym obszarem zbudowanym w całości w okresie Gotyku[2].

W 1864 roku, po wielu sporach, Stowarzyszenie Portugalskich Archeologów zmieniło zrujnowany budynek w muzeum. W XX wieku, w czasie trwania rewolucji goździków, klasztor był ostatnim bastionem prezydenta tzw. Nowego Państwa, Marcela Caetano oraz jego podwładnych.