Pierwotna nazwa nadana górze przez pierwszych mieszkańców brzmiała Hoeri 'kwaggo (morska góra).

Najstarsze znalezione ślady człowieka pierwotnego w okolicy mają ponad 600 000 lat. Są to m.in. narzędzia łowiecko-zbierackie znalezione w depresji w pobliżu Przylądka Dobrej Nadziei.

Pierwszym Europejczykiem, który w 1503 roku przypłynął w te rejony i wspiął się na Górę Stołową, był António de Saldanha.

W roku 1796, podczas brytyjskiej okupacji przylądka, gen. Sir James Craig polecił wybudować na terenie góry trzy blokhauzy: Blokhauz Królewski, Blokhauz Księcia Jorku (później nazwę zmieniono na Blokhauz Królowej) oraz Blokhauz Księcia Walii. Dwa z nich są dziś w ruinie. Blokhauz Królewski jest nadal w dobrym stanie.

Góra stała się częścią nowego Parku Narodowego Cape Peninsula w latach 90. XX w. W 1998 r. park przyjął nazwę Park Narodowy Góry Stołowej (Table Mountain National Park). W 2004 roku wpisano go na listę światowego dziedzictwa UNESCO w ramach zespołu obszarów chronionych Cape Floral. Park ma powierzchnię 221 km².