Kompleks kościelny został założony w VI w. przez jednego z trzynastu syryjskich mnichów, którzy przybyli w tamten region. Jeden z mnichów Dawid osiedlił się w naturalnej jaskini w Górze Garedża, w późniejszym czasie wybudował pierwszy monastyr – Lawra. Uczniowie Dawida: Dodo i Lukiane założyli następne dwa monastyry: Rka i Natlismcemeli.

Do rozwoju kompleksu przyczynił się Ilarion Kartweli (wpływowa osoba publiczna z IX w. Gruzji). Wtedy wielu znaczących mnichów przeprowadziło się do Dawit Garedża. Jednym z nich był syn króla Gruzji Dawida IV Budowniczego (1089-1125) – Dymitr I, autor słynnej pieśni religijnej Szen Char Wenachi, która przetrwała do dziś w niezmienionej formie i uważana jest za jedno z dzieł gruzińskiej sztuki śpiewanej.

W XI w. kompleks został najechany przez Turków Seldżuckich, zahamowało to rozwój klasztoru na pewien czas.

Na wieki XI-XIII przypada największy rozwój gospodarczy i kulturalny. Dawit Garedża osiągnęło wtedy swoją największą świetność. Zostały zbudowane nowe klasztory Udabno, Bertubani i Cziczchituri, stare zostały powiększone i zmodernizowane: wybudowano nowe cele, refektarz oraz kaplicę. W skale wykuto kanały i zbiorniki służące do gromadzenia wody. „Łzy Dawida” – jedyne źródło, dzięki któremu pierwsi pustelnicy gasili pragnienie, stało się relikwią. W klasztorze Udabno założona została szkoła malarska. Osobliwość fresków Dawit Garedża objawia się nowymi interpretacjami tematyki religijnej, w zerwaniu ze schematami szkoły bizantyjskiej. Wysoki poziom artystyczny fresków uczynił z nich ważny składnik światowego dziedzictwa. Freski wykonane były w wielu klasztorach kompleksu i przedstawiają: Dawida Budowniczego w Natlismcemeli, królową Tamarę i jej syna króla Giorgiego Laszę w Bertubani, a także portrety Dymitriego I oraz obrazy przedstawiające budowniczych klasztoru w Udabno. W XII w. gdy ojcem przełożony monastyru został Onopre Garedżeli, stał się on ważnym centrum kulturowym i edukacyjnym wschodniej Gruzji.

W XIII w. monastyr cierpiał z powodu ataków Mongołów. Kompleks został zrabowany, zniszczony a manuskrypty spalone. Odbudowa Dawit Garedża odbywała się powoli z powodu rozbicia kraju i władzy okupanta. Na przełomie XIV i XV w. wojska Timura najechały kraj siejąc zniszczenie. Inwazja ta miała ogromny wpływ na życie w Garedżi.

W 1615 wojska perskie pod dowództwem Abbasa I Wielkiego wybiły zakonników oraz podpaliły unikalne manuskrypty i dzieła sztuki.

Pod koniec XVII w. król Teimuraz oraz król Arczil próbowali ożywić mnisze życie w Garedża. Udało się to osiągnąć jedynie dzięki pomocy Onopre Maczutadze, wyznaczonego na ojca przełożonego kompleksu w 1690. Jednak częste ataki najeźdźców oraz powstanie nowych religii i świeckich szkół w XIX w. w wielu gruzińskich miastach, znacznie utrudniło rozwój kompleksu Dawit Garedża. Od 1811 do 1917 monastyr był niezamieszkany oraz pozostał pusty od 1921 do 1991. W sierpniu 2007 w monasterze przebywało 9 mnichów.

Co roku na terenie kompleksu organizowany jest festiwal ludowy „Garedżoba” gromadzący sporą publiczność.

W 2007 roku kompleks został wpisany na gruzińską listę informacyjną UNESCO – listę obiektów, które Gruzja zamierza rozpatrzyć do zgłoszenia do wpisu na listę światowego dziedzictwa UNESCO[1].