Budowę meczetu rozpoczął w 1609 roku, w towarzystwie urzędników państwowych, sułtan Ahmed I (wówczas 19-letni), którego ambicją było stworzyć budowlę wspanialszą od stojącej w pobliżu Hagii Sofii. Jedna z legend głosi, że młody sułtan wybudował meczet, ponieważ chciał uzyskać przebaczenie Allaha za złe prowadzenie się w młodości[1]. Budowa trwała do 1616 roku[2]. Zgodnie ze swoim zwyczajem pracował on aż do zmęczenia. Nalegał, aby w środku było wszystko co najlepsze, rozkazał garncarzom z Izniku wytwarzanie płytek tylko na cele tej budowli, co skutkowało znacznym osłabieniem manufaktur.

Projektantem nowej świątyni, która miała stać się najważniejszym meczetem imperium osmańskiego, był Sedefkâr Mehmet Ağa, uczeń Sinana[2].

O wadze świątyni świadczyło również jej położenie - bezpośrednio przy Pałacu Topkapı. Swego znaczenia nie stracił on nawet po tym, gdy siedzibę sułtana przeniesiono do Pałacu Dolmabahçe. Przez cały okres istnienia monarchii osmańskiej rolę świątyni imperialnej dzielił z nieco starszym Meczetem Sulejmana.

Do meczetu dołączono kompleks innych budynków: medresę, hale handlowe, szkołę, jadłodajnie dla ubogich, szpital, mauzoleum, fontannę[1] oraz karawanseraj.