Voor de komst van de Europeanen was Chiapas deel van het kernland van de Maya-beschaving. Onder andere Palenque, dat zich in het eerste millennium tot de machtigste stadstaat van het Mayagebied zou ontwikkelen, bevindt zich in Chiapas. In 1498 werd het grootste deel van Chiapas door de Azteekse heerser Ahuitzotl onderworpen.

In 1524 drongen de Spanjaarden Chiapas binnen. Ze namen het in bezit, maar werden alweer snel verdreven door de lokale bevolking. Drie jaar later had Diego de Mazariegos meer succes. Hij wist Chiapas te onderwerpen. Het werd deel van het vicekoninkrijk Nieuw-Spanje als deel van het "Koninkrijk Guatemala".

In 1821 verklaarde Guatemala zich onafhankelijk van Spanje, en korte tijd later sloot het zich aan bij het Eerste Mexicaanse Keizerrijk. Na het uiteenvallen van dit keizerrijk ontstond er discussie in Chiapas over de politieke toekomst van het land. Korte tijd was het onafhankelijk, maar uiteindelijk besloot het zich bij Mexico aan te sluiten. Een deel van Chiapas werd betwist met Guatemala, in de chaos wisten zelfs Los Altos en Soconusco zich onafhankelijk te houden. Een groter deel werd bij Mexico gevoegd toen in 1842 de Verenigde Staten van Centraal-Amerika ophielden te bestaan en het laatste stuk werd in de jaren 80 van de 19e eeuw veroverd door Porfirio Díaz.

Chiapas bleef een van de delen van Mexico waar het minst veranderde. De afstammelingen van de Spanjaarden behielden controle over de indianen. In 1868 was er een gewapende opstand, geleid door Tzotzil Maya's, die er bijna in slaagden de toenmalige hoofdstad San Cristóbal in te nemen, voordat de opstand onderdrukt werd door het Mexicaanse leger.

Veel mensen in Chiapas voelden zich genegeerd door de Mexicaanse regering. Van beloften tot landhervorming was niets terechtgekomen en door de neoliberalisering van de economie en het tekenen van de NAFTA (North American Free Trade Agreement) is het grootste deel van de bevolking van Chiapas alleen maar armer geworden. Dit leidde tot steun voor de Zapatistas die in 1994 in opstand kwamen. Ze hebben inmiddels enkele "autonome gemeentes" gecreëerd waarin traditioneel indiaanse waarden als gelijkheid ('todo para todos') de boventoon voeren. Van de bevolking genieten ze nog steeds steun, maar critici zijn bang dat zich een "staat in een staat" aan het vormen is [bron?]. Voor een groot deel van de internationale 'anders-globalisten' beweging zijn de Zapatistas, met hun radicaaldemocratische manier van regeren, juist een belangrijke inspiratiebron. De wapens werden al na een paar weken neergelegd, maar de situatie is nog steeds gespannen. Er komen veel meldingen van mensenrechtenschendingen uit Chiapas door aan de regering gelinkte paramilities, met als triest dieptepunt het bloedbad van Acteal in 1997 waarbij een grote groep burgers (voornamelijk vrouwen en kinderen) werden vermoord in een kerk. De Mexicaanse regering voert een 'low intensity warfare' tegen de Zapatistas, wat voornamelijk inhoudt dat ze de sociale basis willen fragmenteren, door het bedreigen en onderdrukken van de bevolking[1].

In 2000 werd voor het eerst sinds 1928 een oppositiekandidaat tot gouverneur gekozen. Pablo Salazar Mendiguchía was zelf partijloos, maar kreeg steun van alle partijen, behalve de voorheen oppermachtige Institutioneel Revolutionaire Partij.Hij werd in 2006 opgevolgd door Juan Sabines Guerrero. In 2012 won Manuel Velasco Coello namens de Groene Ecologische Partij van Mexico het gouverneurschap. In 2018 werd Rutilio Escandón van Morena voor zes jaar verkozen.

In 2005 hield de orkaan Stan huis in Chiapas.