Zadar heeft een lange en gevarieerde geschiedenis, waarin het behalve Kroatisch ook Romeins, Byzantijns, Hongaars, Venetiaans, Frans, Oostenrijks en Italiaans is geweest. Lange tijd is de stad bekend geweest onder haar Italiaanse naam Zara. Als de kruisvaarders in het voorjaar van 1202 (4e kruistocht) in Venetië arriveren, blijkt het aantal kruisvaarders van 33.500 niet gehaald te zijn en moet men genoegen nemen met de helft van het genoemde aantal. Wel vertrekken er nog meerdere kruisvaarders uit andere havens, zoals Genua en Marseille. Ook aan de afgesproken afbetaling van 160.000 zilvermarken kan niet worden voldaan, er wordt enkel een betaling gedaan van 85.000 zilvermarken. De doge Enrico Dandolo kon hier geen genoegen mee nemen, maar enkele dagen later bij een kerkelijke ceremonie kwam hij met een voorstel dat de kruisvaarders hun overige schuld konden aflossen als ze de havenstad Zara konden heroveren op de Kroaten en haar weer in handen zouden geven van de republiek Venetië. Aanval op Zara/Zadar: De republiek Venetië nam een groot risico om de kruisvaarders te verschepen, want de helft van de bevolking was bezig om de kruisvaarders over te zetten en dat ging ten koste van de economische bloei. De aanval op Zara duurde van 10 november tot 23 november. De havenstad werd benaderd door 50 voedingstransportboten, 100 paardengaleien en 60 oorlogsschepen, elk gevuld met circa 600 kruisvaarders. De stad Zara werd in dertien dagen tijd aan puin geschoten door 15 katapulten, waarna de kruisvaarders zonder grote problemen de stad konden innemen. Na de Vrede van Campo Formio (1797) kwam de stad onder het bestuur van het keizerrijk Oostenrijk, net als de rest van Kroatië. Vanaf 1806 kwam het onder bestuur van het koninkrijk Italië en later van de Illyrische Provincies die weer bestuurd werden door Napoleon Bonaparte. Na 1813 kwam de stad weer onder Oostenrijks bestuur en werd het de hoofdstad van het afhankelijke koninkrijk Dalmatië.

De stad had echter een grote Italiaanse bevolking en in de loop van de 19e eeuw zou de roep om aansluiting bij Italië dan ook steeds sterker worden wat tot spanningen in de stad leidde. In 1920 was het zover. In het Verdrag van Rapallo werd bepaald dat de stad, samen met enkele eilanden aan Italië zou worden toegekend. Na de Tweede Wereldoorlog, waarin de stad werd gebombardeerd, vluchtten de Italiaanse inwoners naar Italië en in 1947 werd Zadar toegevoegd aan de Socialistische Federale Republiek Joegoslavië.

In 1991 braken er anti-Servische rellen uit in de stad en tijdens de Kroatische Onafhankelijkheidsoorlog werd Zadar meermalen onder vuur genomen. Sinds 2002 heeft de stad een universiteit.