Rottnesteiland werd ongeveer 7.000 jaar geleden van het vasteland van het Australische continent gescheiden door stijging van de zeespiegel na de laatste ijstijd. Archeologische vondsten tot 30.000 jaar oud zijn gevonden op Rottnesteiland van Aborigines. De lokale Noongar noemden het eiland Wadjemup, wat "plek over het water waar de geesten zijn" betekent. Nadat Rottnesteiland eerder al door Nederlandse zeevaarders was gezien en bezocht, kreeg het eiland in 1696 zijn naam. VOC-kapitein Willem de Vlamingh zag de quokka's aan voor grote ratten en noemde het eiland daarom Rotte nest-eiland, later verbasterd tot Rottnest. Na de kolonisatie van Australië door Groot-Brittannië deed Rottnesteiland dienst als landbouwgebied, strafkolonie, interneringskamp en militaire locatie. In 1917 werd het eiland uitgeroepen tot reservaat.