Deze regio werd reeds 4.300 jaar geleden gekoloniseerd door mensen uit de Saqqaqcultuur, die waarschijnlijk via Ellesmere Island waren gekomen. Omstreeks het jaar 1000 AD arriveerde een tweede migratiegolf vanuit Alaska, de zogenaamde Thulecultuur, die tot circa 1.800 bleef bestaan. In Qilakitsoq bevond zich een vestiging van een dertigtal personen, die hier ’s winters in traditionele qarmaqs woonden en ’s zomers in de omliggende fjorden in hun tenten verbleven. De omgeving van Qilakitsoq geldt als zeer rijk aan wild: er werd waarschijnlijk, benevens de visvangst, zowel op zeehonden en walvissen gejaagd als op ijsberen, rendieren en alpensneeuwhoenderen.

De oudste vermelding van Qilakitsoq stamt uit 1789, kort na de stichting van Uummannaq in 1761. De Europeanen noemden de nederzetting destijds Killekitok. Anno 1811 werd voor het laatst gewag gemaakt van de plaats; klaarblijkelijk werd het dorp niet lang nadien door de bewoners verlaten, mogelijk door toedoen van de Europeanen die hier op grote schaal met netten de zeehonden vingen.