De Sint-Janscokathedraal (Maltees: Kon-Katidral ta’ San Ġwann; Engels: St. John's Co-Cathedral) is een 16e-eeuwse kathedraal in Valletta, de hoofdstad van Malta. Deze rijk versierde kerk van de Orde van Malta is een bekend voorbeeld van de barok. Hier bevindt zich het beroemde schilderij De onthoofding van Johannes de Doper (1608) van Caravaggio.

De Sint-Janscokathedraal is een nationaal monument van Malta en de belangrijkste toeristische attractie van het land. In 2007 kwamen er 450.000 bezoekers om de kerk te bezichtigen. In het hoogseizoen kunnen er 4.000 bezoekers per dag komen.

De sobere voorgevel, die de kathedraal het uiterlijk van een fort geeft, wordt geflankeerd door twee klokkentorens. In contrast met de gevel is het interieur rijk versierd. De Italiaanse kunstenaar Mattia Preti was grotendeels verantwoordelijk voor het interieur in barokstijl. Preti schilderde onder meer fresco's op het gewelfd plafond met scènes uit het leven van Johannes de Doper, aan wie de kerk gewijd is. Ook de gebeeldhouwde muren uit Maltees kalksteen zijn van zijn hand. Opmerkelijk is dat dit beeldhouwwerk in de kerk zelf werd uitgevoerd en niet elders is gemaakt en later aan de muur bevestigd.

In de kerk werden een aantal ridders en grootmeesters van de Maltezer Orde begraven. Bij de hoofdingang bijvoorbeeld staat een grafmonument van grootmeester Marc'Antonio Zondadari, een neef van Paus Alexander VII. In het schip van het kerk liggen zo'n 300 rijk versierde marmeren grafstenen van verschillende ridders.