Op de plaats van een romaans kerkgebouw uit de jaren 1221-1222 werd vanaf 1355 een begin gemaakt met de bouw van de Mariakerk. De kerk is een klassiek voorbeeld van Pools-gotische architectuur en stond model voor andere kerken van Polen in de diaspora.

In de middeleeuwen werd in verband met de groeiende Duitstalige bevolking van de stad het Duits de voertaal en Poolstalige diensten verplaatst naar de naburige Sint-Barbarakerk. Op een zitting van het Pools parlement (Sejm) in de winter van 1536-1537 werd door koning Sigismund I het gebruik van de Poolse taal opnieuw in de Mariakerk ingevoerd en de Sint-Barbarakerk de kerk voor de Duitstalige bevolking. Hieruit blijkt een groeiend nationaal zelfbewustzijn dat in nationale trots tot uitdrukking kwam, alhoewel het ook een gevolg was van de verpoolsing van de Duitse bevolking.

De kerk kreeg in de jaren 1750-1753 een vijfzijdig barok portaal naar ontwerp van Franciszek Placidi. In dezelfde periode werd het interieur van de kerk ook verrijkt met 26 barokke altaren en ander barok kerkmeubilair.

Voor de met een toren gekroonde polygonale vorm van het portaal stond de Heilig Grafkapel te Jeruzalem model. De houten deuren zijn versierd met de uit hout gesneden hoofden van profeten, apostelen en Poolse heiligen (Karol Hukan, 1929).

Het bij de kerk gelegen kerkhof werd na 1802 opgeheven en heet tegenwoordig het Mariaplein. Vanaf de jaren 1990 tot 2003 vond er een omvangrijke restauratie plaats en keerde het gebouw terug naar de oude glorie.