Voordat de Spanjaarden de controle over dit gebied overnamen bevond zich reeds een nederzetting op locatie waar nu Vigan ligt. Deze nederzetting met houten en bamboe huizen gebouwd op hoge palen op het eiland, gescheiden van het vasteland door de rivieren de Abra, de Mestizo en de Govantes, werd door de Spaanse conquistador Juan de Salcedo in 1572 Villa Ferdinandina de Vigan genoemd ter ere van de zoon van Filips II van Spanje. Prins Ferdinandina stierf op vierjarige leeftijd. Als beloning voor zijn geslaagde expeditie en verovering van het noorden van de Filipijnen werd Salcedo benoemd tot Luitenant-gouverneur van de Ilocos regio die in die tijd de huidige provincies Ilocos Norte, Ilocos Sur, Abra, La Union en een deel van Mountain Province omvatte. Villa Ferdinandina de Vigan werd de hoofdstad van deze regio. Het was tevens de meest noordelijke stad die door de Spanjaarden in de Filipijnen was gesticht. Aan het einde van de 17e eeuw ontstond een nieuwe vorm van architectuur die de traditionele bouwstijl combineerde met de bouwtechnieken die door de Spanjaarden werden geïntroduceerd. De zetel van het aartsbisdom van Nueva Segovia werd in 1758 naar de stad verplaatst, waardoor de stad het centrum van religieuze activiteit werd. Drie jaar later werd de stad, als een gevolg van haar gestegen status en uitbreiding hernoemd naar Ciudad Ferdinandina.

De huidige naam van de stad is een verbastering van Ilocano woord Biga een grote taro plant die veelvuldig voorkomt op de oevers van de Mestizo-rivier.

Aan het einde van de Tweede Wereldoorlog ontsnapte de binnenstad van Vigan aan de vernietiging door de Japanners. Het verhaal gaat dat de priester die zich ontfermde over de Filipijnse vrouw en kind van de Japanse bevelhebber van het legeronderdeel dat de stad bezet hield, dit alleen wilde doen onder voorwaarde dat de stad intact gelaten zou worden bij de terugtrekking, hetgeen ook gebeurde.