Malindi-moskee is een moskee in Stone Town, Zanzibar, Tanzania, vlakbij de haven. Het stamt uit de jaren 1830, maar is mogelijk gebouwd op de plaats van een oudere moskee die mogelijk uit de 17e eeuw of eerder dateert. Sommige reisgidsen beweren dat de oorsprong in de 15e eeuw ligt.

De huidige moskee werd in 1834-1835/1250 AH gebouwd door Muhammad ben Abdulkadir al-Mansaby aan de kust van Benadir in Somalië. Hij was een rijke koopman in Zanzibar in de jaren 1820 tot 1840. Het gebouw werd tweemaal vergroot in 1841 en 1890.

Het heeft een aantal ongewone architectonische kenmerken, waaronder een kegelvormige minaret (een van de slechts drie minaretten met deze vorm in Oost-Afrika) en een vierkant platform.