De geschiedenis van de eerste bewoners is niet bekend, maar sommige archeologische vondsten wijzen er op dat de Malediven al circa 5000 jaar bewoond zijn. Andere bronnen beweren echter dat de kolonisatie van de Malediven pas ongeveer 500 jaar vóór Christus plaatsvond.

Er bestaan geen inlandse bronnen van vóór de twaalfde-eeuwse Islamisering, maar wel Europese klassieke verwijzingen naar de Malediven. De Periplus van de Erythreïsche Zee (circa 90) vermeldt handel in schildpadschilden "zoals van het eiland tegenover Limurike" (Malabar), wat zou kunnen verwijzen naar de Malediven en de Laccadiven. Claudius Ptolemaeus (2de eeuw) heeft de duidelijkste verwijzing en noemt sommige van de eilanden bij naam. Ammianus Marcellinus (4de eeuw) vertelt over bezoekers van keizer Julianus die uit "Divi" en "Serendivi" komen; Serendivi is Sri Lanka, en waarschijnlijk verwijst Divi naar de Malediven.[1]

Vanaf de eerste eeuw vóór Christus was het boeddhistisch, maar in 1154 bekeerde de toenmalige koning zich tot de islam en werd het Sultanaat van de Maldivische Eilanden opgericht. Er regeerden in totaal 84 sultans. In de 16e eeuw veroverde Portugal de Malediven. In het midden van de 17e eeuw nam de Vereenigde Oostindische Compagnie, nadat ze Ceylon op de Portugezen hadden veroverd, de macht op de Malediven over. In 1796 namen de Britten Ceylon en de Malediven over. In 1887 kwamen de Malediven onder Brits protectoraat.

Op 26 juli 1965 werden de Malediven opnieuw onafhankelijk, en in 1968 werd er voor een republiek gekozen. Vanaf 1978 was Maumoon Abdul Gayoom president. Hij werd vijf maal herkozen. In november 2008 werd de voormalig politiek gevangene Mohamed Nasheed als zijn opvolger gekozen. De bevolking is nog altijd voor het grootste gedeelte moslim, andere godsdiensten zijn door de overheid verboden. Sinds december 2007 is de grondwet gewijzigd waarin vermeld staat dat de islam een voorwaarde is van het burgerschap in de Malediven. Het land staat volgens Open Doors op de 13 plaats als het gaat om extremistische christenvervolging. Het volkslied van de Aziatische archipel is Gavmee Salaam (Dhivehi: ޤައުމީ ސަލާމް). De tekst is geschreven door Mohamed Jameel Didi in 1948, en de muziek erbij is gemaakt door Pandit Wannakuwattawaduge Don Amaradeva in 1972.

Van 1982 tot 2016 waren de Malediven lid van het Gemenebest van Naties.

Op 26 december 2004 werden de Malediven getroffen door de grote tsunami die het gevolg was van een aardbeving onder de Indische Oceaan. Door het gebrek aan een grote landmassa kon zich echter geen hoge vloedgolf opbouwen, waardoor het verwoestende effect minder was dan in landen op het continent of op veel grotere eilanden zoals het relatief nabijgelegen Sri Lanka. Hoewel de golven op de Malediven niet hoger kwamen dan circa 1,5 meter, was dit - door de geringe hoogte van de eilanden - toch voldoende om zeer aanzienlijke schade aan te richten. Circa 75 mensen kwamen om, 13 bewoonde eilanden en 29 toeristeneilanden werden compleet verwoest.