Kokand bestaat al sinds de 10e eeuw, toen het nog Chavakend (Khakavend) werd genoemd en kwam vaak voor in reisverslagen van de karavaanroute tussen India en China. De Mongolen verwoestten Kokand in de 13e eeuw. Tussen 1571 en 1626 vormde de stad onderdeel van het emiraat Bochara.

De huidige stad kent haar oorsprong in een fort dat werd gebouwd in 1732 op de locatie van een ouder fort genaamd Eski-Koergan. In 1740 werd de stad uitgeroepen tot hoofdstad van het gelijknamige Oezbeekse kanaat Kokand, dat op haar hoogtepunt rond de jaren '20 van de 19e eeuw gebieden tot aan Kyzyl-Orda in het westen en Pisjpek (Bisjkek) in het noordoosten omvatte (het huidige Zuid-Kazachstan, Kirgizië en een groot deel van Tadzjikistan). Kokand vormde ook het belangrijkste religieuze centrum van de Ferganavallei, waar zich ruim 300 moskeeën bevonden.

In 1876 veroverden tsaristische Russische legers onder leiding van Michail Skobelev, de stad en het ganse kanaat dat daarna bij het generaal-gouvernement Turkestan werd gevoegd. Tussen 1917 en 1918, in de nadagen van de Russische Revolutie, waren de islamitische Jadiden er de baas en stichtten er de kortstondige Voorlopige Regering van Autonoom Turkestan (of Autonoom Kokand).[1] In de nacht van 6 op 7 februari 1918 vielen troepen van de Tasjkentsovjet de stad aan en veroverden haar na zware straatgevechten waarbij er vele slachtoffers vielen. Bij de aanval werden naar schatting 10.000 tot 15.000 soldaten en burgers gedood of vermoord.

Sinds de onafhankelijkheid van Oezbekistan in 1991 is de stad sterk uitgebreid met nieuwe wijken en publieke gebouwen. Ook verschenen er veel nieuwe winkels, cafés, restaurants en andere horecagelegenheden. In het post-communistische Kokand zijn veel straten hernoemd van hun oude (Sovjet-)Russische namen naar Oezbeekse namen.