Tijdens het paleolithicum was het gebied rond Kernavė weinig bewoond. De vroegste menselijke nederzettingen dateren uit het 9e en 8e millennium v. Chr. Het aantal nederzettingen steeg echter in het mesolithicum en het neolithicum, door de visrijke rivier de Neris en de terrassen eromheen die geschikt waren voor de jacht. Het dorp wordt voor het eerst genoemd in 1279, toen het werd belegerd door de Duitse Orde omdat het destijds de hoofdstad was van Groothertog Traidenis. Kernavė beleefde zijn hoogtepunt in deze periode (eind 12e – begin 13e eeuw) en was een van de belangrijkste feodale steden van Litouwen, met handelaars en vaklui die zich in de stad vestigden. De ridders van de Duitse Orde brandden het dorp en het kasteel plat in 1390. Kernavė en het kasteel werden niet herbouwd en de overlevende bewoners verhuisden weg van de Pajauta-vallei naar de top van de heuvel. De resten van het oude dorp werden later overspoeld met alluviale aardlagen, waardoor alles – zelfs organisch materiaal[1] – vrij intact werd bewaard. Dit maakt het gebied zeer interessant voor archeologen en is de reden waarom sommigen aan Kernavė refereren als het “Troje van Litouwen”[2][3].

De archeologische site werd bekender in het midden van de 19e eeuw, toen de romantische schrijver Feliks Bernatowicz het gebied beschreef in zijn roman ‘’Pojata, córka Lizdejki’’ (Vert.: “Pajauta, de dochter van Lizdeika”, Warschau, 1826). Er werden opgravingen verricht rond de heuvelforten door de Tyszkiewicz-broers en door Władysław Syrokomla (1859). Na de Tweede Wereldoorlog werden de opgravingen hervat door de Universiteit van Vilnius in 1979 en door het Litouws Instituut voor Geschiedenis in de periode 1980-1983. In 2003 werd het Staatscultuurreservaat van Kernavė opgericht.