Na de vestiging van een Russische militaire post in juli 1869, groeide Karakol in de 19e eeuw toen onderzoekers de pieken en valleien in kaart kwamen brengen, die Kirgizië van China scheidden. In de jaren 1880 nam het aantal bewoners flink toe door een toestroom van Dungans, Chinese moslims die vluchtten voor oorlogsgeweld in China.

In 1888 overleed de Russische ontdekkingsreiziger Nikolaj Przjevalski in Karakol aan tyfus, terwijl hij een expeditie naar Tibet voorbereidde. Ter ere van hem werd de naam van de plaats veranderd in Przjevalsk. Na plaatselijke protesten kreeg de stad in 1921 zijn oude naam weer terug, maar in 1939 werd het weer Przjevalsk in verband met zijn 100e geboortejaar. Dat bleef zo tot het uiteenvallen van de Sovjet-Unie in 1991. De naam van de ontdekker leeft nog voort in het nabijgelegen Pristan-Przhevalsk.

Het Issyk-Koelmeer werd door Sovjetmilitairen gebruikt voor het testen van voortstuwings- en geleidesystemen van torpedo's. In Karakol woonden dan ook vrij veel militairen met hun gezinnen. Tegenwoordig is Karakol een belangrijke plaats voor toeristen die het meer en de bergen bezoeken.

De belangrijkste economische activiteiten zijn tegenwoordig handel en lichte industrie, met name de verwerking van agrarische producten, en toerisme. De bergachtige omgeving biedt mogelijkheden voor trektochten en skiën.