In de 15e eeuw was het centrale gezag verzwakt en in de toenmalige provincie Kaga werd in 1488 de macht overgenomen door de volgers van de priester Rennyo van de Jodo Shinshu stroming. Deze volgers werden de Ikkō-sekte, de "vastberadenen", genoemd. De Ikkō-boeren regeerden bijna een eeuw lang het "Boeren Koninkrijk".

In 1580 veroverde Oda Nobunaga de natuurlijke fortificatie, Kanazawa Gobo, die door rugdekking van hoge heuvels en rivieren aan beide zijden goed te verdedigen was. In 1583 veroverde Toyotomi Hideyoshi, terzijde gestaan door Maeda Toshiie, Kanazawa en Maeda werd daimyō van de provincie Kaga (naast het schiereiland Noto waarover hij al heerste). Samen was dit het grootste toenmalige leengebied.

De waarde van een gebied werd in die tijd afgemeten aan de rijstproductie. De opbrengst van het gebied van de Maeda-clan was een miljoen koku (1 koku is ca. 280 liter). Hyakumangoku (1 miljoen koku) werd synoniem met de rijkdom van de Maeda's en de stad Kanazawa.

In de 300 jaar onder de Maeda's waren er weinig oorlogen en natuurrampen. Wel waren er een aantal grote branden, zoals die van 14 april 1631 die begon bij de brug over de Sai en ook het kasteel verwoestte. Desondanks konden zij aandacht besteden aan cultuur, literatuur, de Japanse theeceremonie (茶道, chadō), theater (No-spel|No) en tuinkunst. Gedurende deze culturele bloeiperiode werd Kanazawa Sho-Kyōto (Klein-Kioto) genoemd.

Aan het einde van het Tokugawa-shogunaat werd het han-systeem van leengebieden afgeschaft. Op 1 april 1889 werd Kanazawa een stad (shi) en de hoofdstad van de nieuwe prefectuur Ishikawa.

Uitbreidingen van de stad:

Op 1 januari 1924, 1 april en 10 april 1925 steeds met één dorp. Op 16 december 1935 met één gemeente en vijf dorpen. Op 1 april 1936 met drie dorpen. Op 1 oktober 1943 met één dorp en twee maanden later met één gemeente en nog twee dorpen. Op 3 mei 1947 en 1 juni 1949 met steeds één dorp. Op 1 juli 1954 met de dorpen Uchikawa (内川村, Uchikawa-mura), Saigawa (犀川村, Saigawa-mura), Neuka (額村, Nuka-mura), Yasuhara (安原村, Yasuhara-mura) en Yuwakudana (湯涌谷村, Yuwakudana-mura). Op 1 januari 1956 met het dorp Oshino (押野村, Oshino-mura). Op 5 april 1957 met het dorp Asakawa (浅川村, Asakawa-mura). Op 1 juni 1962 met de gemeente Morimoto (森本町, Morimoto-machi).

In de jaren daarna is de gemeentegrens nog hier en daar aangepast, echter zonder dat er sprake was van samenvoeging.

Sinds 1 april 1996 heeft Kanazawa de status van kernstad (中核市, chūkaku-shi).