Jodhpur werd in 1459 door Rao Jodha gesticht, de Rajput leider van de Rathorestam. Rao Jodha breidde zijn macht uit over het omringende gebied en was daarmee de grondlegger van de vorstenstaat Marwar, vaak naar de stad Jodhpur genoemd. Rao Jodha regeerde zijn gebied eerst vanuit het nabij gelegen Mandore, maar Jodhpur nam de functie van hoofdstad al snel over. De stad lag strategisch gunstig aan de belangrijke weg van Delhi naar Gujarat. Daardoor groeide Jodhpur uit tot een handelscentrum voor opium, koper, zijde, sandelhout, dadels en koffie.

Al snel werd Marwar een vazalstaat van het Mogolrijk, waarbij de maharadja van Jodhpur belasting aan de Mogolkeizer betaalde en daarvoor terug een bepaalde mate van autonomie mocht houden. Een aantal bekende generaals uit het Mogolrijk waren afkomstig uit Jodhpur, zoals maharaja Jaswant Singh, 1629-1678. De opname in het Mogolrijk zorgde voor nieuwe invloeden van buiten op kunst en architectuur en deed de handel verder opbloeien.

Keizer Aurangzeb ontnam Jodhpur rond 1679 kort zijn autonomie maar de maharadja werd in ere hersteld na Aurangzebs dood in 1707. In plaats van te profiteren van de langzame neergang van de macht van de mogolkeizers in de 18e eeuw, waren de maharadja's voornamelijk bezig met intrige en interne conflicten. Jodhpur kon weinig weerstand bieden tegen de Maratha's, die de Mogols in Rajasthan vervingen als machthebbers. Over het algemeen werden de Maratha's als bezetters ervaren en er was veel weerstand, wat tot een periode van onrust en opstanden leidde. In 1818 wist Jodhpur de Marathabezetter van zich af te schudden door een verdrag met de Britse Oost-Indische Compagnie te sluiten, waarbij het de facto een Engels protectoraat werd.

De Engelse koloniale overheersers zorgden voor een nieuwe periode van vrede, waardoor het gebied economisch weer opbloeide. De handelaren uit Jodhpur, de Marwari's, genoten bekendheid over het hele Indische subcontinent. In 1947, toen India onafhankelijk werd, werd Jodhpur in de deelstaat Rajasthan ingedeeld.