De Galapagoseilanden werden in 1535 ontdekt door de Dominicaanse bisschop Tomás de Berlanga uit Panama nadat zijn schip in een luwte was gekomen en afdreef. Ze waren volgens zijn aantekeningen onbewoond, hoewel Thor Heyerdahl in de jaren 50 aardewerkvondsten rapporteerde die van Zuid-Amerikaanse origine zouden zijn, waarover nog controverse bestaat. Ecuador annexeerde de Galapagoseilanden op 12 februari 1832.

Charles Darwin bezocht Galapagos met het onderzoeksschip Beagle in september 1835. Hij bracht ongeveer vijf weken door met het bestuderen van de geologie en biologie van vier van de eilanden. Mede door zijn bevindingen tijdens dit bezoek aan de eilandengroep ontwikkelde Darwin zijn ideeën over evolutie van soorten: de evolutietheorie. De naar hem genoemde darwinvinken zijn een bekend voorbeeld van het ontstaan van variaties in soorten door erfelijke aanpassingen. In verband daarmee zijn soorten op geïsoleerde eilanden en eilandengroepen voor biologen een specifiek aandachtsgebied geworden. In 1859 verscheen Darwin's boek On the Origin of Species. In 1959, honderd jaar na het verschijnen van dat boek, werden de eilanden tot nationaal park verklaard en tevens werd de Charles Darwin Foundation opgericht, die zich bezighoudt met de instandhouding van de natuurlijke toestand van Galapagos. Sinds 1978 staan de eilanden op de werelderfgoedlijst van de UNESCO, en in 1981 is de oceaan eromheen uitgeroepen tot zeereservaat. In 2022 werd dat gebied uitgebreid met 60.000 vierkante kilometer en zo verbonden met de eveneens beschermde zee rond het Cocos-eiland (Costa Rica). Er is zo een veilige migratieroute van 1000 kilometer ontstaan voor walvissen, haaien en zeeschildpadden.[1]