Voor de komst van de Spaanse conquistadores werd het gebied waar Filandia ligt bevolkt door de Quimbaya's. De naam Filandia komt van de Quimbaya-taal (de inheemse taal van deze regio) en bestaat uit 2 aan elkaar gevoegde woorden, "Filia" (dochter) en "Andia" (Andes). Dus de vertaling van Filandia is "dochter van de Andes".