Tot in de 13e eeuw had het dorp een Vlaamsklinkende naam (Ekingem). Het is de combinatie van een persoonsnaam en achtervoegsel -heem; eind 13e eeuw werd Equinguehem geschreven wat een Franstalige transcriptie van Ekingem is. Het achtervoegsel -Plage werd in 1339 toegevoegd. In dat jaar splitste de gemeente zich af van Outreau.

Equihen is altijd een vissersdorp geweest, totdat het zich ontwikkelde tot badplaats en tot verblijfplaats van kunstenaars, waaronder Jean-Charles Cazin.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd het dorp zwaar verwoest. Daarna werd het heropgebouwd.