In de dertiende eeuw huwde de voorouder van de clan MacLeod, Leod, de erfgename van de Macarailts, de Viking senechals van Skye die woonden in Dunvegan. Leod was de zoon van Olaf the Black, koning van het Eiland Man. Leod had twee zonen, Tormod en Torquil, die respectievelijk de voorouders werden van de clans de MacLeods van Dunvegan, Harris en Glenelg en de MacLeods van Lewis. Tormod, de eerste leider van de clan, was de eerste die leefde volgens de gaelic traditie in plaats van de vikingtraditie. Deze omslag was gekomen door de Slag bij Largs in 1263, waar de koning Haakon IV van Noorwegen werd verslagen door Alexander III van Schotland. De macht van de Vikingen over de Hebriden was gebroken.

Vanaf de vroege vijftiende eeuw tot de achttiende eeuw waren er voortdurend conflicten tussen de grootste clans op Skye, de MacLeods en de MacDonalds. Dunvegan Castle had echter meer te duchten van interne clanstrubbelingen en van bemoeienis van 'buitenaf', van de Schotse koningen, die probeerden de eilanden onder hun macht te brengen en te houden. In maart 1557 bezette Iain Dubh het kasteel na zich de positie van clanleider te hebben veroverd door alle andere gegadigden te vermoorden. Uiteindelijk werd hij door de clanleden verjaagd en in Ierland door O'Donnells vermoord.

In 1657 verloor de clan MacLeod 800 man in de Slag van Worcester, toen de clan Karel II van Engeland, van het huis Stuart, steunde. Toen de Jacobieten in 1745 in opstand kwamen en poogden Bonnie Prince Charlie op de Schotse troon te krijgen, werd dit niet meer gesteund door de clan MacLeod. Met het neerslaan van de opstand (de Slag bij Culloden) werd echter wel een verandering in de macht van alle Schotse clans in gang gezet door de Engelsen. De absolute macht van de clans verdween.

Door financiële problemen ten gevolge van de aardappelhongersnood (Potato Famine) in 1847-1851 verliet de 25ste leider van de clan MacLeod het kasteel. Dunvegan Castle bleef onbewoond tot 1929 toen de 29ste leider het weer betrok. In 1938 werd de zuidvleugel door een brand compleet vernietigd.

In 1933 werd Dunvegan Castle voor het eerst opengesteld voor het publiek.