Moskee in Dakhla.

Het gebied wordt al eeuwenlang bewoond door Berbers. De Arabische stam Oulad Dlim uit het koninkrijk Himyar in Jemen vestigde zich in de 12e eeuw in de Sahara. De Spanjaarden ontwikkelden in de 15e eeuw belangstelling voor de kust van Afrika omdat ze vanaf de Canarische eilanden visten.

Spaanse vissers zijn sinds 1500 actief langs de kust bij kaap Cabo Blanco, nabij het huidige Dakhla, en jaagden tot in de jaren 1940 vooral op bultruggen rond Kaapverdië.

De Spanjaarden vestigden enkele walvisstations langs de Afrikaanse kust. Het duurde echter tot 1884 voordat ze Villa Cisneros (het tegenwoordige Dakhla) stichtten. De vestiging werd gefinancierd door de regering van Antonio Cánovas del Castillo. Spaanse militairen, en de Spaanse arabist Bonelli, claimden de kust tussen Kaap Bojador en Cabo Blanco voor Spanje. Er werden drie nederzettingen gesticht: Villa Cisneros, nog een tweede bij Cabo Blanco voor de jacht op zeehonden en walvissen, en een in Angra de Cintra. Bonelli liet de bewoners van het schiereiland bij Villa Cisneros een overeenkomst tekenen die hen onder 'bescherming' van de Spaanse koning bracht. Hierna bracht de Spaanse regering de andere koloniale machten tijdens de Koloniale Conferentie van Berlijn op de hoogte dat ze in bezit waren van het gebied tussen Kaap Bojador en Cabo Blanco.

Dakhla werd hoofdstad van de provincie Río de Oro, een van de twee gebieden die de Spaanse Sahara vormden. Ze bouwden een militair fort en de katholieke kerk Onze-Lieve-Vrouw van de Karmel. In de gevangenis bij het fort werden in de Spaanse Burgeroorlog dissidenten opgesloten.

In de jaren 1960 werd door de Spanjaarden de luchthaven aangelegd, een van de drie in Westelijk Sahara met verharde banen. In 1975 besloot Spanje, onder druk van Marokko en Mauritanië, de kolonie Spaanse Sahara op te geven. Tussen 1975 en 1979 was Dakhla hoofdstad van de Mauritaanse provincie Tiris al-Gharbiyya, nadat dat land het zuidelijk deel van Westelijk Sahara had geannexeerd. Er kwam een gemeenschappelijke tijdelijke regering van Mauretanië en Marokko. Na vele schermutselingen waarbij Marokko het gebied bezette in 1979 kwam er een wapenstilstand gesteund door de Verenigde Naties in 1991 maar tot op heden erkennen de meeste lidstaten van de VN de soevereiniteit van Marokko niet.[1]