Door haar centrale ligging, aan de toegang tot de Tavignanovallei en de Restonicavallei en op een kruispunt van wegen, was Corte van strategisch belang. De plaats was al bewoond in de Romeinse tijd en ook in de middeleeuwen was hier een nederzetting. In de 14e eeuw kwam er een klein kasteel op een rotspunt. Vincentello d'Istria, onderkoning van Corsica namens de koning van Aragon, liet vanaf 1419 boven de stad een vesting bouwen. Van hieruit organiseerde hij het verzet tegen de Genuezen. Tussen 1553 en 1559 bezette een Frans leger de stad. Daarna werd de stad bezet door de Genuezen en ook Sampiero Corso had de stad korte tijd in handen in 1563.

In 1745 ontstond in Corte de Corsicaanse opstand tegen het Genuese bestuur en tussen 1755 en 1769 was Corte de hoofdstad van het onafhankelijk verklaarde Corsica. In Corte was de munt en een nationale drukkerij gevestigd. In 1765 werd er de eerste universiteit van Corsica geopend, die echter al na vier jaar moest sluiten. Na de Franse overwinning in de Slag bij Ponte Novo in 1769, kwamen Corsica en Corte onder Frans bestuur. Op bevel van de graaf van Vaux werd begonnen met de omvorming van het kasteel van Corte naar een citadel. In 1776 werd de kazerne Padoue gebouwd om er een garnizoen in onder te brengen.[1] Tussen 1791 en 1793 was Corte hoofdstad van het kortstondige departement Golo. Maar in de 19e en het grootste deel van de 20e eeuw bekleedde de stad een tweederangs rol. Wel was er nog een garnizoen gelegerd en in de 19e eeuw kreeg de citadel van Corte haar huidige uitzicht.

In 1981 kreeg Corte opnieuw een universiteit. In 1983 verliet het Frans Vreemdelingenlegioen de citadel waar het sinds 1962 gelegerd was. Daarna werd in de citadel het Grand Musée de la Corse geopend.[2]