Vijfenzestig miljoen jaar geleden is er een grote plooi in de aardkorst ontstaan van honderden kilometers dwars door zuidelijk Utah. Dezelfde kracht vormde later het Coloradoplateau. Deze plooi wordt de Waterpocket Fold genoemd. In Capitol Reef wordt deze plooi en zijn spectaculaire geërodeerde verzameling van kleurrijke rotsen, massieve blokken, canyons en bogen beschermd.

Er is bewijs gevonden dat tijdens de Prehistorie langs de boorden van de Fremont River menselijke activiteit was van een volk dat men nu de Fremont noemt. Later waren het vooral de Paiute die dit gebied doorkruisten. De Dominguez-Escalante Expeditie trok in september 1776 door Utah maar van een bezoek aan dit gebied is niets genoteerd. Zeker is dat John Charles Frémont in de winter van 1853-54 deze omgeving verkende, op zoek naar een route voor treinverkeer van Kansas City naar Californië.

In 1865 was het een van de laatste gebieden in de V.S. die nog niet op kaart waren gebracht tot John Wesley Powell vanaf 1869 een aantal expedities naar de streek leidde.