De havenstad is in de 4e eeuw v.Chr. gesticht door de Feniciërs. Later ging het deel uitmaken van het Griekse rijk van Alexander de Grote. Daarna werd het een twistappel tussen de hellenistische rijken van de Seleuciden en Ptolemaeën waarna het Romeinse Rijk de macht overnam. De stad heette in die tijd Strato's toren en had een vrij beperkte omvang.

In de Romeinse tijd werd de stad door Herodes de Grote uitgebreid en verfraaid. De bouwwerkzaamheden vonden plaats tussen ca. 22 en 10 v.Chr. Herodes gaf de stad de naam Caesarea, ter ere van keizer Caesar Augustus. Onder Herodes groeide Caesarea van een relatief onbetekenend dorpje uit tot de tweede stad in het Joodse land. Herodes liet een grote haven aanleggen, met ruimte voor zo'n 300 schepen. De haven was in de eerste eeuw een tussenstation op een van de belangrijkste vaarroutes van Alexandrië naar Rome. Ook bouwde hij in Caesarea aan de kust een paleis, waar hij 's zomers verbleef, omdat het in de hoofdstad Jeruzalem in de zomer dikwijls onaangenaam heet is. In de stad zelf bouwde Herodes een agora, verschillende tempels, een theater en een hippodroom met uitzicht over zee. Omdat in de door Herodes uitgebreide stad meer water nodig was dan uit natuurlijke bronnen voorhanden was, legde hij een lang aquaduct aan dat vanuit het Karmelgebergte water naar de stad bracht.

Toen Judea in 6 na Chr. een provincia werd, kozen de Romeinse praefecti en later procuratores Caesarea als residentie. Zij gebruikten het paleis van Herodes als praetorium. Pontius Pilatus liet in Caesarea een tempel bouwen ter ere van keizer Tiberius. Op deze tempel is de beroemde Pilatus inscriptie gevonden.

In het Nieuwe Testament wordt Caesarea verschillende malen genoemd als doorgangsroute naar Jeruzalem. Het is ook waar Cornelius woonde, een Romeinse centurio, volgens de Bijbel de eerste niet-Jood die zich bekeerde tot het christendom. Ook wordt genoemd dat de apostel Paulus enige tijd in Caesarea gevangen heeft gezeten onder Antonius Felix en Porcius Festus.

Tijdens de Joodse Opstand (66-70) braken in Caesarea onlusten uit als gevolg van spanningen tussen Joodse en heidense bevolkingsgroepen in de stad.

In de Laat-Romeinse tijd werd Caesarea de zetel van de aartsbisschoppen van Caesarea in Palestina, metropool aartsbisdom van een kerkprovincie met meer dan 30 bisdommen, waaronder Jeruzalem.

Zoals de rest van het land, werd de stad vervolgens onderdeel van het Oost-Romeinse Rijk, vanaf de 7e eeuw de Arabische Rijken, tussen 1101 en 1187 een kruisvaardersrijk, dan weer Arabische Rijken, vervolgens in de 16e eeuw het Ottomaanse Rijk, het Britse mandaat (1918) en ten slotte Israël (1948).

Op en bij de site van de oude Romeinse stad lagen in 1948 drie Palestijnse dorpen, waar Arabieren, joden en bedoeïenen door elkaar leefden: Qisarya (1500 inw.), Barrat Qisarya (1000 inw.) en het kleinere Khirbat al-Burj. Water haalde men uit de aanwezige bronnen. Dit zeker ook wat betreft de landbouw, waaronder citrusfruit en bananen. Op 15 februari 1948 werd Qisarya bezet door de Hagana (Palmach o.l.v. Jitschak Rabin[1]), de inwoners verdreven en het dorpje verwoest. Barrat Qisarya onderging hetzelfde lot. Nu liggen de moderne steden Sedot Yam en Or Akiva op deze locaties. In de jaren 70 stonden enkele oude huizen nog, maar deze werden verwoest toen Palestijnse onderzoekers deze sites kwamen documenteren. Het derde verwoeste dorp lag bij de "oude" (1922) joodse nederzetting Binyamina.[2]

In onze tijd bevindt zich bij deze archeologisch belangrijke plaats ook een moderne badplaats Caesarea, waar toeristen kunnen zeilen, duiken en zich met watersport vermaken. Onder de villa's bevindt zich ook die van voormalig premier Netanyahu. Een paar honderd meter noordelijker ligt de enige Palestijnse kuststad van Israël, Jizr az-Zarqa, waar de omstandigheden heel anders zijn.[3] In 2002 liet de gemeente Caesarea een 9 meter hoge wal aanbrengen tussen de beide kustplaatsen. Men zei overlast te ondervinden.