Bibi-Khanym-moskéen (persisk: مسجد بی بی خانم, usbekisk: Bibi-Xonim masjidi) er et av de viktigste historiske byggverkene i Samarkand i Usbekistan. Moskéen sto ferdig i 1404 og var i det 15. århundre en av de viktigste og største moskéene i den islamske verden. Midt på 1900-tallet sto bare en stor ruin igjen, men bygget ble restaurert i sovjetperioden. Moskéen har navn etter Timur Lenks førstehustru Saray Mulk «Bibi» Khanum.