Pompeju dibināja oski 6. gadsimtā pirms Kristus. Pilsētas nosaukums visticamāk cēlies no osku vārda pumpe - pieci. Pilsēta ir izveidojusies apvienojoties pieciem miestiem. Pēc citas versijas pilsētas nosaukums cēlies no grieķu valodas vārda pompe - triumfāls gājiens: Pomjeju un Herkulānas dibināšanas leģenda vēstī, kad Hērakls uzveicis milzi Gērionu, svinīgi izgājis cauri pilsētas ielām.

Kādu laiku Pompeji piederēja Kumai, kopš 6. gadsimta pirms Kristus beigām bija etrusku pakļautībā un bija pilsētu savienībā ar Kapuju vadībā. 5. gadsimta pirms Kristus divdesmitajos gados, kopā ar citām Kampānijas pilsētām, Pompeju iekaroja samnīti. Otrā Samnītu kara laikā samnītus uzveica Romas republika, bet Pompeji, aptuveni 310. gadā pirms Kristus, kļuva par Romas sabiedrotajiem.

Pilsēta piedalījās itāļu pilsētu savienības sacelšanās 90. - 88. gados pirms Kristus, kuru sacelšanās laikā 89. gadā pirms Kristus iekaroja Lūcijs Kornēlijs Sulla, pēc kā tika ierobežota pilsētas pašvaldība un pārveidota kā Romas kolonija - Colonia Cornelia Veneria Pompeianorum. Pilsētai bija svarīga loma tirdzniecības ceļā Via Appia, kas savienoja Romu un Dienviditāliju. Pompejā bija vasarnīcas daudziem dižciltīgiem romiešiem.