Restelo netālu no Lisabonas, kur vēlāk tika uzcelts Hieronīma klosteris, sākotnēji bija neliels ciematiņš Težu upes krastā. Kara flotes un jūras tirdzniecības attīstības rezultātā tas izauga, vēlāk kļūstot par lielu tirdzniecības ostu un jūrasbraucēju apmešanās vietu. Seutas ieņemšana 1415. gadā un vēlāk Āfrikas piekrastes iekarošana deva spēcīgu impulsu portugāļu kara flotes attīstībai, un, attiecīgi, šīs Restelo ostas izaugsmei. Taču šāda izaugsme nesekmēja infrastruktūras attīstību, kas būtu jāveic iedzīvotājiem, jau tā nogurdinātiem ar smagajām jūrniecības problēmām un slimībām. Lai apmierinātu šīs vajadzības Dons Enrike 1452. gadā pasūtīja Sv. Hieronīma kapelas celtniecību Belaiņas rajonā, kā arī ūdensvadu presbiterijas namiem. Šajā kapelā lielie jūrasbraucēji, tādi, kā Pedru Alvarišs Kabrals, Vasko da Gama u.c. pavadīja nakts lūgšanas pirms došanās savos jūras ceļojumos.

1496. gadā pirms Indijas jūras ceļa atklāšanas Vasko da Gama un Manuels I palūdza Svēto Krēslu atļauju liela klostera celtniecībai Kristus ordeņa vecās ermitāžas vietā, Težu upes krastā. Celtniecības darbi sākās 1501. vai 1502. gada 6. janvārī (gads precīzi nav zināms), pēc tam, kad Vasko da Gamas ceļojums bija beidzies, un karalis to varēja finansēt no iegūtajiem līdzekļiem tirdzniecībā ar Austrumiem. 1518. gadā darbu nobeigumā Manuels izlēma to pārvērst par savu personīgo panteonu, akcentējot "monarhijas un dzimtas īpašo raksturu, kas radās kā Avisu dinastijas atzars". Viņš gribēja to izcelt ar krāšņa šedevra palīdzību, kas bija saskaņā ar karaliskās propagandas un karalistes glorificēšanas principiem, sajaukumā ar paša personību.

Ēka tika celta no Liozas kaļķakmeņa, kas tika iegūts no netālajām akmeņlauztuvēm. Pasākuma lielais mērogs un bagātīgā finansēšana paildzināja darbus uz simts gadiem periodisku celtniecības kontraktu veidā, kuros bija iesaistīti tādi arhitekti, kā Diogo de Boitaka, Žuans de Kastiljo, Diogo de Taralva, un, beidzot, Heronimo de Ruo. Kā manuelino arhitektūras kulminācija, Hieronīma klosteris apvieno sevī vēlās gotikas un renesanses arhitektūras elementus, asociējot tos ar karalisku, kristoloģisku, un naturālistisku simbolismu, kas padara to unikālu.

Lai aizpildītu klosteri, tika izraudzīti Svētā Hieronīma ordeņa mūki (no šejienes arī klostera nosaukums), reliģiska kopiena, kas apdzīvoja šo platību līdz reliģisko ordeņu likvidācijai 19. gadsimtā (1834.g.). Vēlāk klosteris tika nodots Pia karaliskajam namam Lisabonā (iestāde, kas atbildīga par sērdieņu audzināšanu, kā arī nabadzīgu un pamestu personu ārstēšanu), kas aizņēma klostera telpas līdz 1940. gadam. Baznīca kļuva par Belaiņas piepilsētas draudzes baznīcu. Visa šī perioda laikā liela daļa klostera vērtīgā interjera tika nozaudēta.