Apmēram 1200. gadā p.m.ē. Težu upes grīvā atradās feniķiešu apmetne. Apmetne tika saukta Alis Ubbo (drošā osta). Kaut arī arheoloģija to neapstiprina, pēc leģendas pilsētu dibināja Odisejs, atgriezdamies no Trojas, tāpēc romieši pilsētu sauca par Olisipo (Olissipo).

2. gadsimtā p.m.ē. pilsētu no Kartāgas atkaroja romiešu ģenerālis Decims Jūnijs Bruts (Decimus Junius Brutus), un nosauca pilsētu par Felicitas Julia. Tā turpmāk ietilpa Romas Luzitānijas provincē, tomēr nebija tās galvaspilsēta. Pilsēta kļuva turīga tirgojoties ar garum (no zivju ķidām izgatavota mērce), vīnu, sāli un zirgiem.

Rietumromas impērijas norieta laikā pilsētu ieņēma alāni, vandaļi, svēvi, līdz tā iekļāvās Vestgotu valstī.

Ap 711. gadu Lisabonu ieņēma arābi un valdīja Lisabonā līdz 1147. gadam. Pilsētas arābiskais nosaukums bija al-Ushbuna. Arābu valdīšanas laikā pilsēta uzplauka.

Rekonkistas gaitā 1147. gadā apvienotais eiropiešu karaspēks Portugāles karaļa Alfonso I vadībā pilsētu atkaroja no arābiem. Daļa arābu tika pievērsti kristietībai, bet mošejas pārbūvēja par baznīcām.

1255. gadā Lisabona kļuva par Portugāles galvaspilsētu. 1290. gadā Lisabonā nodibināja universitāti.

16. gadsimtā bija Lisabonas "zelta laiks", jo, pateicoties portugāļu jūrasbraucēji ģeogrāfiskajiem atklājumiem, Lisabona kļuva par Eiropas tirdzniecības centru ar Brazīliju un Indiju.

1531. gadā Lisabonā notika zemestrīce, kas nogalināja tūkstošiem iedzīvotāju. 1755. gada 1. novembrī notika Lisabonā notika viena no lielākajām zemestrīcēm vēsturē - Lisabonas zemestrīce, kas gandrīz pilnīgi nopostīja pilsētu, nogalinot 90 000 iedzīvotāju. Voltērs šim notikumam veltīja dzejoli Poême sur le désastre de Lisbonne. Pēc šīs zemestrīces pilsēta tika uzcelta gandrīz no jauna.

19. gadsimta sākumā pilsētu ieņēma Napoleona karaspēks.

2. pasaules kara laikā Portugāle bija neitrāla, tāpēc Lisabona bija pilsēta, no kuras uz ASV devās daudzi legāli un nelegāli bēgļi.

1974. gadā Lisabonā norisinājās galvenie Neļķu revolūcijas notikumi.

1994. gadā Lisabona bija Eiropas kultūras galvaspilsēta.

1998. gadā Lisabonā notika EXPO izstāde.

2000. gadā Lisabonā tika pieņemta ES Lisabonas stratēģija.