Zināma kopš 7. gadsimta kā dziedniecības vieta, kas bijusi populāra jau valdnieces Tamaras laikā. Šeit esošās pirtis bijušas karaļnama īpašums. Tiešas rakstiskas liecības ir no 13. gadsimta, kur Gelati klostera ziedojumu grāmatā teikts, ka karalis uzdāvinājis Ckaltubo dziednieciskos avotus klostera priekšniekam.

18.-19. gadsimtā lielākā daļa dziednīcu ēku nopostītas un Ckaltubo bijis iespējams apmeklēt tikai gada siltajā laikā. Kūrorts atdzimis 19. gadsimta beigās. 1930. gados Ckaltubo kūrorts ievērojami paplašināts un iegūst vissavienības nozīmi. 1953. gadā Ckaltubo piesķirts pilsētas statuss.