Alertas stacija izveidota pēc Otrā pasaules kara ASV un Kanādas kopīgā Apvienotā Arktikas meteoroloģisko staciju (Joint Arctic Weather Stations; JAWS) projekta ietvaros kā pēdējā no piecām Kanādas Arktikā; pārējās bija Jūrika (1947), Rezolūta (1947), Moldbeja (1948) un Izaksena (1948).[1] Materiāli stacijas izbūvei tika nogādāti paredzētajā vietā 1948. gada augustā ar amerikāņu ledlauzi Edisto, bet pirmie 12 stacijas celtnieki ieradās 1950. gada 9. aprīlī. Kā pirmais tika izbūvēts ledus skrejceļš Alertas līcī.

1956. gadā Kanādas Gaisa spēki pie Alertas lidlauka ierīkoja Attālās agrīnās brīdināšanas sistēmas staciju, bet vēlākos gados ierīkotas vēl citas militārās struktūras. ASV personāls staciju pameta 1970. gada oktobrī un jau nākamajā gadā meteostacija un lidlauks tika nodoti attiecīgo Kanādas institūciju pārziņā.[2] Stacijas apkalpojošā personāla skaits sasniedza maksimumu 1996. gadā — ap 270 cilvēku un Alerta kļuva par vienu no svarīgākajiem mezgliem militārās izlūkošanas informācijas apstrādē. Vēlākos gados liela daļa aprīkojuma tika automatizēta un personāla skaits samazinājās.

1986. gadā 6 km uz dienvidiem no Alertas tika uzbūvēta atsevišķa Neila Triveta Globālās atmosfēras novērošanas observatorija, kas aizvietoja Alertas meteostacijas novērojumu programmu.