Miestą įkūrė graikai III a. pr. m. e. Trogire išlikę XIII−XVI a. architektūros paminklai.

VII a. Dalmatijos pakrantėje įsikūrė slavai, ir nuo to laiko miestas buvo kroatų karalių įtakoje.

XI a. Trogire buvo įsteigta vyskupija.

1123 m. Trogirą užėmė saracėnai ir jį visiškai sugriovė. Tačiau miestas buvo greitai atstatytas ir XIII a. pasiekė savo klestėjimo viršūnę.

1420 m. miestas tapo pavaldus Venecijai.

1797 m. po Venecijos žlugimo, Trogiras tampa Austrijos dalimi.

Per Pirmąjį ir Antrąjį pasaulinį karą Trogiras būdavo okupuojamas Italijos, o po šių karų priklausydavo Jugoslavijai.

1990 m. Kroatijai atsiskyrus nuo Jugoslavijos, Trogiras tampa Kroatijos miestu.

1997 m. Trogiras įtrauktas į UNESCO Pasaulio paveldo sąrašą.