Kai į salas atvyko arabai, jos buvo negyvenamos. 1505 m. atplaukė portugalai. Kaip tranzitinis taškas tarp Azijos ir Afrikos salos buvo lankomos piratų, kol 1756 m. visiškai kontroliuoti salas pradėjo prancūzai, pavadinę jas tuometinio Prancūzijos finansų ministro Jean Moreau de Sechelles vardu. 1794-1811 m. vyko kovos dėl įtakos tarp Britų imperijos ir Prancūzijos, kol 1814 salos atiteko britams. 1903 m. salos atskirtos nuo Mauricijaus, 1976 m. birželio 29 d. iškovojo visišką nepriklausomybę.