Pirmieji faktai apie Isyk Kulį randami kinų metraščiuose II amžiuje prieš mūsų erą. Vėliau ežeras buvo poilsio vieta Šilko kelio keliautojams iš Tolimųjų Rytų į Europą. Daugelis istorikų mano, kad būtent nuo ežero išplito Juodąja mirtimi pavadinta pandemija.

Moksliniai ežero tyrimai prasidėjo tik XIX amžiuje, kuriuos atliko rusų geografas Nikolajus Prževalskis.

Kirgizijos ir Rusijos slavų universiteto 2006 metais surengta archeologinė ekspedicija, vadovaujama Vladimiro Ploskio, ant ežero dugno surado nežinomą senovinę civilizaciją, kuri egzistavo prieš 2500 metų.[1]