Pirmoji mečetė Dženėje pastatyta apie XIII-XIV a. Rašytiniuose šaltiniuose minima nuo XVII a. („Sudano istorijoje“). Šaltinyje rašoma, kad Džanės sultonas Kunburu priėmęs islamą sugriovė savo rūmus ir jų vietoje pastatęs mečetę. Vėlesni valdovai pastatę bokštus, įtvirtinimus. Vėliau mečetė minima tik 1828 m. prancūzų keliautojo Renė Kaljė užrašuose: jis aprašė mečetę kaip apleistą, apgyvendintą daugybės kregždžių ir dėl to dvokiančią. 1893 m. prancūzams okupavus Dženę, iš mečetės buvo belikę griuvėsiai. 1907 m. jungtinės prancūzų ir vietinių gyventojų pajėgos mečetę atstatė.

Nuo 1988 m. mečetė kartu su kitais istoriniais Dženės objektais įtraukta į UNESCO pasaulio paveldo sąrašą. 1996 m. žurnalas Vogue mečetėje surengė fotosesiją su pusnuogėmis moterimis. Tai papiktino tikinčiuosius ir nuo to laiko ne musulmonams į mečetę įeiti draudžiama.