Polineziečiai salą apgyvendino prieš 1100 metų. Yra išlikusios senovinės šventyklos. 1722 m. Bora Borą aplankė pirmasis europietis – olandas Jacob Roggeveen. 1777 m. saloje išsilaipino Džeimsas Kukas. Jis savo užrašuose salą pavadino Bola-Bola (tait. „naujagimis“), tačiau polineziečiai salą greičiausiai vadino Pora-Pora. 1792 m. Bora Boroje apsigyveno pirmasis europietis – James Connor – jūreivis, išsigelbėjęs po banginių medžioklės laivo „Matilda“ katastrofos. 1895 m. sala tapo Prancūzijos valda. 1929 m. Bora Borą išgarsino filmo „Tabu“ filmavimas. Antrojo pasaulinio karo metu saloje buvo JAV karinės aviacijos bazė.