마요르카에서 발견된 구석기 시대(기원전 6000–4000년)의 주거지 유적 및 무덤 등으로 미루어 볼 때 이 지역에는 매우 먼 옛날부터 사람이 살았던 것으로 생각된다. 이 섬은 기원전 123년 퀸투스 카이킬리우스 메텔루스 발리아리쿠스가 이끄는 로마에 의해 정복되었다. 로마제국의 통치 시기에 폴렌시아(Pollentia, 현재의 알쿠디아) 및 팔마리아(Palmaria, 현재의 팔마)와 같은 섬의 주요 도시가 세워졌다. 당시 섬의 산업은 올리브 및 포도 재배, 소금 생산이 중심이었다. 마요르카의 군인들은 특유의 투석기 사용 기술로 로마군에게도 인정을 받았다.

426년 반달족의 침입을 받은 마요르카 섬은 465년부터 반달족의 지배에 놓이게 된다. 534년에는 동로마 제국에 의해 정복당하였으며 사르데냐 왕국의 통치 하에 들어갔다. 동로마 제국의 지배 하에서 기독교(로마 가톨릭교회) 문화가 번창하였으며 유명한 성당들이 이때 지어졌다. 707년 이후로 섬은 북아프리카의 이슬람계 침략자들로부터 지속적인 공격 대상이 되었다.

902년 코르도바 칼리파테가 섬 일대를 장악하면서 다시 번영 시기를 맞게 되었으며 무어인의 이주와 함께 관개를 비롯한 농업 및 지역 산업이 발달하였다. 칼리파테가 1015년 분할되면서 마요르카는 일대 변혁을 맞이하게 된다. 그러나 1114년 8개월에 걸친 카탈루니아인들의 공격에 의해 도시는 다시 정복 당했고, 한동안 침략자들이 머물다가 북아프리카의 알모르다비 왕조가 다시 통치권을 쥔다. 연이은 사회 불안으로 아라곤 왕국의 제임스 1세가 1만 5천 명의 남자와 1천 5백 마리의 말을 보내면서 본격적인 통치를 시작하였으며 이후 아라곤 왕국으로 편입되었다.

제임스 1세가 1276년 죽자 왕국이 아들들의 싸움으로 분열되었다가 제임스 2세가 마요르카 섬을 통치하게 되었으며 1344년 아라곤 왕국의 페드로 5세(Pedro IV)가 침략하여 다시 섬을 왕국으로 통합한다.

1479년 이래로 아라곤 왕국은 카스티야 왕국과의 연합을 이루었다. 18세기 초에 스페인 왕위계승전쟁 이후 스페인에서는 단독 왕위 계승이 이루어지게 되었다. 1716년 통합 왕국령으로 마요르카 섬이 발레아레스 제도의 부도서로 편입되었다.