전설에 의하면 슈웨다곤 파고다는 2500년 전에 지어졌다고 한다. 고고학에서는 탑은 사실상 6~10세기 사이에 몬족에 의해 지어진 것으로 여기고 있다.

탑은 1300년대에 바고의 빈야우 왕에 의해 18m의 높이로 재건되기 전까지는 파손된 상태였다. 이후 몇 차례의 개축을 거쳐 15세기에 현재의 98m 높이가 되었다. 몬족의 왕은 바고의 슈웨모도 탑과 슈웨다곤 탑이라는 두 개의 거대한 불탑을 소유하고 있었다. 원래는 8m에 불과했으나 1362년에 버냐왕이 20m의 높이로 증축하였다. 신소부왕은 탑의 높이를 40m로 높였다. 16세기 초까지 불탑은 미얀마에서 가장 인기 있는 순례지가 되었다.

그러나 다음 세기에 연속되는 지진으로 피해를 입었다. 1768년에 최악의 지진으로 탑의 정상부가 무너졌으나 꼰바웅 왕조의 신뷰신 왕에 의해 현재의 높이로 증축되었다.

불탑은 양곤 시의 문화 유산으로 등재되어있다.