19세기, 주바 근처에 곤도코로(Gondokoro)라고 불린 무역기지가 있었다. 이곳은 오스만 투르크의 가장 남쪽 군사기지로 약간의 군인들이 진주하고 있었는데, 대부분이 이 지역에 만연한 말라리아와 흑수열에 걸려 있었다.

1922년, 그리스의 무역상들이 이 지역에 도착하여 백나일강 반대편에 주바를 건설했다. 그리스인들은 주바의 원주민들이었던 바리족과 원만한 관계를 가지고 있었고 그들의 협조 속에 상가를 만들었다. 이후 40대 초까지 여러 은행 건물과 호텔 등이 지어졌다.

1899년부터 1955년까지 주바는 영국령 수단에 속해 있었다. 영국은 북부 수단과 남부 수단의 통합을 논의하는 주바 회의에서 수단의 남부 지역을 우간다와 합치길 바랐지만 남부 수단은 결국 북부 수단과 통합되고, 주바는 1956년 독립 이후 수단에 속한 도시가 되었다.

남부 수단과 북부 수단의 통합에 반대하는 남부 수단 반군들이 1, 2차 수단 내전을 일으켰으며, 남부 수단의 중심지인 주바는 이 내전의 중요한 거점이 되었다.