푸에블로 인디언의 선조인 아나사지 인디언이 서기 550년경 메사 위에서 옥수수 농사와 사냥을 주로 하며 살았다. 그들이 지은 집의 구조는 땅을 약 30cm쯤 판 구덩이를 바닥으로 하고 나무기둥으로 네 귀퉁이에 비슷하게 세워 지붕을 만든 집(Pithouse)을 짓고 살았다. 1100년경에는 비로서 벽돌로 벽을 세운 집을 짓고 부락을 이루기 시작했다. 1200년경 그들은 벼랑으로 내려가서 움푹 파진 알코브(Alcove)에 대형으로 집을 지어 오늘의 유적지가 생기게 된 것이다. 벼랑거주(Cliff dwelling)는 특히 어린이나 노약자에게 더 없이 불편한 자리인데 왜 이런곳을 주택지로 삼았는지는 풀리지 않은 수수께끼다. 13세기말에 와서 연속 되는 가뭄이 있었고 그로 인했는지는 모르나 주민들은 완전히 이곳을 버리고 남쪽으로 떠났다. 뉴멕시코의 리오 그란데 강가로 가서 흩어져 살게 되었다.
17세기 스페인 사람들이 이곳을 메사버드(또는 메사베르데, Mesa Verde)라 불르기 사작은 했지만 유적지가 있는지는 약 200년이 지나도록 아무도 몰랐다. 본격적으로 외부 세계에 알려진것은 1888년 카우 보이였던 웨더릴(Wetherill)이 유적지를 발견하고 유적지에서 파낸 유물을 팔기 시작한 때 부터가 된다. 그는 또한 1891년 스웨덴의(핀랜드인) 구스타프 노든숄드( Gustaf Nordenskiöld, IPA [ˈnɔrdnˌʃoʊld])를 도와 많은 유물을 유럽으로 반출했다. 미국정부에서는 이런 여러 가지 사실을 알고 황급히 1906년 국립공원으로 선포하고 유적지를 보호하게 되었다. 핀랜드 박물관이 많은 이곳 유적지 유물을 소장하고 있는 이유는 그때 반출 되었기 때문이다.