알크마르는 중세 초기까지만 해도 작은 어촌에 불과했지만 마을이 점차 발전하면서 1254년에 시로 승격되었다. 알크마르는 1573년 네덜란드 독립전쟁 때 많은 시민들이 스페인군의 공격을 막았으며 1799년 프랑스 혁명 전쟁 때 바타비아 공화국과 프랑스 연합군이 이 곳에서 영국과 러시아 연합군을 격파했다. 이 때문에 파리 개선문에도 알크마르가 새겨져 있다.