아가데즈는 14세기 이전 설립된 것으로 추정된다. 위치 덕분에 아가데즈는 아소데를 대신하여 사하라 종단 무역의 중심 도시가 되었다. 현재까지도 도시에는 빌마에서 소금을 운반하는 대상이 드나든다.

1449년 아가데즈에는 아가데즈 술탄국이 생겼지만, 후에 1515년 송가이 제국에 의해 정복되었고1591년까지 송가이 제국의 일부로 남아있었다. 이 시점에서 아가데즈의 인구는 약 30,000명이다.